Varaždinska županija ima sljedeća upravna tijela:
- Upravni odjel za poslove Skupštine i župana
- Upravni odjel za gospodarstvo i europske poslove
- Upravni odjel za poljoprivredu i ruralni razvoj
- Upravni odjel za prostorno uređenje, graditeljstvo i zaštitu okoliša
- Upravni odjel za prosvjetu, kulturu i sport
- Upravni odjel za zdravstvo, socijalnu skrb, civilno društvo i hrvatske branitelje
- Upravni odjel za proračun i javnu nabavu
- Upravni odjel za opću upravu
- Služba za unutarnju reviziju